连云港东站原为中云站,始建于1935年。1987年,为满足连云港港务局和连云港碱厂的运输需要,中云站扩建为陇海铁路与港口铁路专用线、碱厂铁路专用线的交接站。2006年东陇海铁路电气化改造工程开始,中云站改造扩建客运站。2009年11月11日,中云站更名为连云港东站,成为东陇海铁路客运始发终到站,原连云港东站更名为连云站,停止办理客运、行包业务。